Janssen streefde naar de hereniging van de christenen. Daartoe stelde hij een dagelijkse misviering in aan het graf van Bonifatius te Fulda. Om zich meer aan het missiewerk te kunnen wijden werd hij rector van de Ursulinen in Kempen, een provinciestad in de grensstreek tussen Krefeld en Venlo. In die periode gaf hij al een missietijdschrift uit ("Bode van het Heilig Hart van Jezus") ter werving van gelovigen.
Vanwege de anti-religieuze politiek tijdens de Kulturkampf van Bismarck kon hij zijn plannen in Duitsland niet verwezenlijken en week hij uit naar Nederland, en vestigde zich in het Noord-Limburgse Steyl aan de Maas (thans gemeente Venlo), waar hij drie congregaties stichtte.
In 1875 stichtte hij er een missieseminarie. Dit werd de latere missiecongregatie van de Gezelschap van het Goddelijk Woord (latijn: Societas Verbi Divini SVD) (1885).
Samen met de later zalig verklaarde zuster Maria Helena Stollenwerk stichtte hij in 1888 de congregatie van de missiezusters Dienaressen van de Heilige Geest, en later de congregatie van de Aanbiddingszusters Dienaressen van de Heilige Geest (1896).
In 1930 waren er al 37 missiehuizen voor hogere en lagere studies. In Nederland waren die gevestigd in Steyl, Uden, Soesterberg, Helvoirt en Teteringen (bij Breda), in België te Heide en in Kalmthout. Ook in het buitenland stichtte hij vele missiehuizen, zoals in Wenen, Salzburg, en in Techny bij Chicago (Verenigde Staten). De missiegelden voor de grootschalig opgezette evangelisatie werd bekostigd door de eigen drukkerij. Deze werd in 1925 verheven tot pauselijke drukkerij. In Nederland werd door de missionarissen van Steyl onder meer het rijk geïllustreerde maandblad De Katholieke Missiën (KM) uitgegeven. Het doel was om door de verspreiding van lectuur de missie te bevorderen. In de periode 1874-1963 werd dit blad in vele katholieke huisgezinnen gelezen.
