Voor de Chinese autoriteiten was de Fransman een ongewenste vreemdeling. Peking beperkte de aanwezigheid van de Europeanen tot een handelspost bij de stad Canton (Guangzhou) en de Portugese enclave Macao.
In 1839 brak het gewapend conflict uit tussen de Europeanen en de Chinezen, dat bekend is geworden als de (eerste) Opiumoorlog. De Chinezen beschouwden Perboyre als een misdadiger. Ze loofden zelfs een premie uit voor wie meehielp hem op te sporen. Op 15 september 1839 werd de Lazarist aangehouden en gevangen gezet. In de missiegeschiedenis kreeg 11 september een jaar later een speciale betekenis. Op die dag in 1840 werd de pater ter dood veroordeeld en terechtgesteld.
